Die Stadt Jena unterhält sieben mit Vertrag besiegelte Städtepartnerschaften. Zudem pflegt sie einen über den Städtepartner Erlangen entstandenen engen Kontakt zur Stadt Wladimir in Rußland. Mit dem Bezirk Panyu der Stadt Guangzhou in China verbindet die Stadt Jena seit 2009 eine projektbezogene Kooperation.
Darüber hinaus ist Jena Mitglied im Europäischen Verbund der Napoleonstädte. Neben diesen partnerschaftlichen Beziehungen gibt es eine Vielzahl z.T. sehr intensiver internationaler Kooperationen weltweit.
